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Grupo de Biologia Computacional e Bioinformática (GC2B)

Biologia Computacional no GC2B
Bioinformática no GC2B
Recursos computacionais do GC2B

Grupo de Biologia Computacional e Bioinformática (GC2B)

Estrutura do Grupo

LÍDER DO GRUPO
 
CIENTISTAS DO GRUPO
 
PÓS-DOUTORANDOS
 
ESTUDANTES
Lulu Wu, Mestranda
Daniel Ferreira Silva, Estudante de graduação

Sumário

Os sub-projetos do CeTICS são largamente baseados na grande quantidade de dados biológicos que é produzida através de modernas técnicas de alto rendimento em ômicas (e.g., genômica, proteômica, transcriptômica). Dessa forma, visando a produção de conhecimento científico, existe uma demanda para organização de dados biológicos, assim como de sua recuperação, integração e análise. Bioinformática é o campo científico que lida com as demandas acima mencionadas, e inclui métodos para lidar com problemas que surgem nos sub-projetos do CeTICS, tais como: montagem, anotação e análise de genomas e de transcriptomas; identificação computacional de proteínas; análises taxonômica e filogenética; química computacional e modelagem molecular.

Por outro lado, os sub-projetos do CeTICS também estão baseados em investigações que são intrinsecamente interdisciplinares, uma vez que elas envolvem o cruzamento de fronteira entre disciplinas tais como Biologia Molecular, Bioquímica, Matemática, Estatística e Ciência da Computação. Essas investigações interdisciplinares, por sua vez, visam o desenvolvimento de modelos matemáticos e a aplicação de técnicas de simulação computacional para estudar o comportamento de sistemas biológicos (e.g., a cinética de redes moleculares de sinalização), no contexto do campo científico conhecido como Biologia Computacional.

O Grupo de Biologia Computacional e Bioinformática (Group of Computational Biology and Bioinformatics – GC2B) foi criado no final de 2013, logo após o estabelecimento do próprio CeTICS. Ele tem como objetivo geral desenvolver e executar projetos científicos em Biologia Computacional e Bioinformática. Além disso, o GC2B tem um objetivo mais específico, que é prover a necessária assistência aos demais sub-projetos deste centro e também aos demais laboratórios do Instituto Butantan. Para este fim, alguns dos projetos que atualmente são executados pelo GC2B incluem o desenvolvimento da plataforma CeTICSdb para armazenamento e análise de dados ômicos heterogêneos [1,5], e o arcabouço SigNetSim para modelagem matemática e simulação computacional da cinética de redes moleculares de sinalização [2,3,4].


Publicações Selecionadas

[1] Reis MS, Nishiyama-Jr MY, Silva DF, Junqueira-de-Azevedo ILM, da Cunha JPC, Barrera J, Iwai LK, Serrano SMT, and Armelin HA. CeTICSdb: a platform for interdisciplinary research that allows quantitative and qualitative -omics analyses and mathematical modeling of signaling networks. RECOMB 2014, Pittsburgh, PA, United States. NSF Poster Session, P-30. Web page:http://f1000.com/posters/browse/summary/1095384.

[2] Reis MS, Dias MHS, Nakano F, Barrera J, and Armelin HA. Mathematical modeling of Ras/MAPK signaling network kinetics provides insights into mechanisms of FGF2-induced cell cycle arrest in the K-Ras-driven mouse Y1 adrenocortical tumor cells. RECOMB 2014, Pittsburgh, PA, United States. NSF Poster Session, P-26. Web page: http://f1000.com/posters/browse/summary/1095383.

[3] Reis MS, Dias MHS, Nakano F, Noël V, Barrera J, and Armelin HA. Modeling the kinetics of Ras/MAPK and PI3K/AKT signaling pathways in the K-Ras-driven mouse Y1 adrenocortical tumor cells: novel insights into the mechanisms of FGF2-driven cell cycle arrest. Challenges and Solutions in Cancer Research and Treatment (CSC) 2014, Mangaratiba, RJ, Brazil. Poster Presentation SIG-09. Web page: http://f1000.com/posters/browse/summary/1095752.

[4] Reis MS, Dias MHS, Albuquerque LL, Nakano F, Noël V, Barrera J, and Armelin HA. Mathematical modeling of the Ras/MAPK and PI3K/Akt signaling networks in the K-Ras-driven mouse Y1 adrenocortical tumor cells. 43rd Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology (SBBq) Congress 2014, Foz do Iguaçu, PR, Brazil. Poster Presentation C-35. Web page: http://f1000.com/posters/browse/summary/1095753.

[5] Nishiyama Jr MY, Reis MS, Silva DF, Kitano ES, Souza GM, Junqueira-de-Azevedo ILM, da Cunha JPC, Barreira J, Iwai LK, Serrano SMT, Armelin HA. CeTICSdb: an integrated platform for analysis of heterogeneous, high-throughput-omics and mathematical modeling of biochemical reactions.  ISMB 2014 Satellite Meeting - HiTSeq SIG: High Throughput Sequencing Algorithms & Applications, 11 - 12 Jul 2014, P26.  Web page: http://f1000.com/posters/browse/summary/1096242

 

  

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